1851 m. Šiauliuose pradeda veikti berniukų gimnazija („Šavelskaja Mužskaja gimnazija“).
1914 m. ji pradeda veikti kaip lietuviška gimnazija.
1920 m. tampa Šiaulių valstybine gimnazija.
1928 m. pavadinama Šiaulių valdžios berniukų gimnazija.
Po Antrojo pasaulinio karo gimnazija perorganizuota į vidurinę mokyklą.
Nuo 1946 m. vadinama J. Janonio vidurine mokykla.
1965 m. įvedamas humanitarinis profilis.
1991 m. pradedama ruoštis humanitarinio profilio gimnazijos atkūrimui, iškeliamos pradinės klasės.
1996 m. suteikiamas gimnazijos statusas.

Cariniais laikais gimnaziją baigė garsūs Lietuvos šviesuoliai: publicistas, dramaturgas Petras Vileišis, fizikas Vincas Čepinskis, publicistas Povilas Višinskis, vadovėlių autoriai Marcelinas Šikšnys, Jonas Baronas, Klemensas Skabeika, profesoriai Mykolas, Vaclovas ir Viktoras Biržiškos, filosofas Stasys Šalkauskis ir daugelis kitų. Keturi gimnazijos auklėtiniai – 1918 m. vasario 16-osios Nepriklausomybės akto signatarai: Mykolas Biržiška, Jonas Vileišis, Steponas Kairys ir Alfonsas Petrulis.

Nepriklausomos Lietuvos laikotarpiu gimnazijoje dirbo žinomi pedagogai: matematikas Jonas Murka, filosofas Jonas Šliūpas, poetai Stasys Anglickis, Petronėlė Orintaitė, istorikė Vanda Daugirdaitė – Sruogienė, dailininkas Teofilis Petraitis, skulptorius Petras Aleksandravičius, literatas Viktoras Katilius ir kiti.

Tarpukario ir pokario garsiausi gimnazijos auklėtiniai – rašytojai: Juozas Grušas, Juozas Paukštelis, Kostas Korsakas, Stasys Būdavas, Kazys Alantas, literatūrologai: Jonas Grinius, Albinas Jovaiša, Aleksandras Merkelis, architektai: Vladimiras Zubovas, Eduardas Budreika, Vytautas Čekanauskas, Ignas Laurušas,  vitražistas Stasys Ušinskas, keramikas Liudvikas Strolis, dirigentas Saulius Sondeckis, kompozitorius Vytautas Laurušas, muzikas Eugenijus Paulauskas, žurnalistai  Domas Šniukas, Albertas  Laurinčiukas, Skirmantas Valiulis ir kiti.

2001m. įsteigtas gimnazijos Garbės vardas suteiktas 4 asmenims :

p. Kazimierui Butkui, Australija

p. Isoldai Poželaitei-Davis, AM,  Australija

prof. Sauliui Sondeckiui

Mokytojai Augutei Vaičiulienei

2001 m. gimnazija švenčia 150-ies metų jubiliejų.

2010 m. Juliaus Janonio gimnazijos muziejui 40 metų.

2011m. gimnazija švenčia 160-ies metų  jubiliejų.

2018 m. gimnazijos erdvėse įamžinamas Šiaulių gimnazijos auklėtinių– Vasario 16-osios Nepriklausomybės Akto signatarų Mykolo  Biržiškos, Stepono Kairio, Alfonso Petrulio, Jono Vileišio atminimas.

2021 m. gimnazija švenčia 170-ies metų jubiliejų.

2021-10-22 atidengta prieš pusšimtį metų skulptoriaus R. Kazlausko sukurta, o jubiliejaus proga atnaujinta skulptūra „Varpas“. Vietoje laikino medinio varpo sumontuotas tikras skambantis varpas, nulietas 2020 metais Lenkijoje už gimnazijos mecenato K. Butkaus paramą.

2022 m. rugsėjo 1 d. suformuota pirmoji  KTU klasė ( I gimnazinė).

2023 m. rudenį pradėta statyti lauko klasė.

2023 m. gruodžio 21 d. gimnazija tampa atrankine mokykla. Miesto tarybos posėdyje buvo patvirtinta nauja mokinių priėmimo į Šiaulių miesto mokyklas tvarka. Remiantis miesto tarybos sprendimu Juliaus Janonio gimnazijai nuo 2024 m. suteikta teisė formuoti aukštesnių mokymosi gebėjimų mokinių klases.

2024 m. vasario 16 d. fizikos mokytojai ekspertei Valentinai Rakužienei įteiktas Lietuvos didžiojo kunigaikščio Gedimino ordino medalis už inovatyvią pedagoginę veiklą, aktyvų visuomeniškumą, indėlį ugdant jaunąją fizikų kartą.

2024 m. kovo 9 d. gimnazijoje organizuojama pirmoji žinių patikra būsimiems gimnazistams į atrankinę mokyklą.

 

Knygos apie mokyklą

Krivickas J. Res non verba – Šiaulių berniukų gimnazijos-Juliaus Janonio vidurines mokyklos istorija (1891–1991). Kaunas: Šviesa, 1991.

Krivickas J., Samulionienė L. Mokinių kūrybos almanachas „Mūsų žodis“. Šiauliai, 1996.

Krivickas J. Šiaulių Juliaus Janonio vidurinės mokyklos istorija. 1991–1996 m., Šiauliai: Saulės delta, 1997.

Krivickas J. Žymesni mokytojai ir mokiniai. Enciklopedinis žinynas. Šiauliai: Saulės delta, 2001.

Tarptautinis ekslibrisų konkursas. EX LIBRIS. Šiaulių Juliaus Janonio gimnazijai – 150.  Šiauliai, „Saulės delta“, 2001.

Krivickas J. Mokytojų mokytojas Jonas Adomaitis. Šiauliai: Sulės delta, 2003.

Krivickas J. Praskriejo kaip vėjas. Šiauliai: Saulės delta, 2006.

„Vasario 16-osios Nepriklausomybės akto Signatarai“. Informacinis lankstinukas. Šiauliai, 2009.

„Biržiškos: trys broliai – vienas gyvenimas“. Šiauliai, 2009.

„40 muziejaus akimirkų“. Šiauliai: UAB „Ekspresyvus kontaktas“, 2010.

„Juliaus Janonio gimnazija: ištakos ir dabartis“. Šiauliai: Šiaurės Lietuva, 2011.

„O mano odisėja kaip nesibaigia, taip nesibaigia…“ Jonas Krivickas 1929-2007. Šiauliai: Šiaurės Lietuva, 2011.

„… sužibti kartą lyg žvaigždė“. Jaunųjų kūrėjų antologija. Šiauliai, 2018.

Šiaulių berniukų gimnazija XIX a. II p.–XX a. I p. Fotografijų albumas. Šiauliai, 2018.

Šiaulių Juliaus Janonio gimnazijos „MOKYTOJAI“. Šiauliai, 2021 m.

Kasmetinis leidinys

Gyvenimas JJG. Gimnazijos metraštis: 2009-2010 m.m., 2010-2011 m.m.,  2011-2012 m.m.,  2012-2013 m.m., 2013-2014 m.m., 2014-2015 m.m., 2015-2016 m.m., 2016-2017 m.m., 2017-2018 m.m., 2018-2019 m.m., 2019-2020 m.m., 2020-2021 m.m., 2021-2022 m.m.

Kilnojama paroda

„Šiaulių gimnazijos auklėtiniai – Vasario 16-osios Nepriklausomybės Akto signatarai“. Šiauliai, 2018 m.